Nueva publicación en la revista “Frontiers in Ecology and Evolution” con agradecimientos al CICA

Se ha publicado un trabajo nuevo en la revista Frontiers in Ecology and Evolution titulado “Phylogenetic Patterns of Extinction Risk in the Endemic Flora of a Mediterranean Hotspot as a Guiding Tool for Preemptive Conservation Actions”.

Los autores del mismo son: Rafael Molina Venegas, Ignacio Ramos Gutiérrez y Juan Carlos Moreno Saiz.

Enlace: https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fevo.2020.571587/full



Nueva publicación en “Genes” con agradecimientos al CICA

Se ha publicado un trabajo nuevo en la revista Genes 2020 titulado ”
A Comparative Study of Supervised Machine Learning Algorithms for the Prediction of Long-Range Chromatin Interactions”.
This article belongs to the Special Issue Computational Methods for the Analysis of Genomic Data and Biological Processes)

Los autores del mismo son : Thomas Vanhaeren,Federico Divina, Miguel García-Torres, Francisco Gómez-Vela, Wim Vanhoof y Pedro Manuel Martínez-García.

Este articulo pertenece a la edición especial Computational Methods for the Analysis of Genomic Data and Biological Processes)

Enlace : https://www.mdpi.com/2073-4425/11/9/985/htm

Nuevas publicaciones con agradecimientos al CICA

Diferentes trabajos se han publicado en varios medios con agradecimiento a los servicios de supercomputación del CICA:

  • On Electronegativity, Hardness, and Reactivity Descriptors: A New Property-Oriented Basis Set
    Autores: Jesús Sánchez-Márquez, Victor García, David Zorrilla, and Manuel Fernández
    The Journal of Physical Chemistry A 2020 124 (23), 4700-4711
    DOI: 10.1021/acs.jpca.0c01342
    Link: https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jpca.0c01342
  • Correlations between Fukui Indices and Reactivity Descriptors Based on Sanderson’s Principle
    Autor: Jesús Sánchez-Márquez
    The Journal of Physical Chemistry A 2019123 (40), 8571-8582
    DOI: 10.1021/acs.jpca.9b05571
    link: https://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/acs.jpca.9b05571

Nueva publicación en “Annals of Botany XX: 1–15, 2020” con agradecimientos a CICA

Un nuevo trabajo se ha publicado en la revista “Annals of Botany XX” titulado “Reconstruction of the spatio-temporal diversification and ecological niche evolution of Helianthemum (Cistaceae) in the Canary Islands using genotyping-by-sequencing data”.

Los autores de este trabajo son: Rafael G. Albaladejo, Sara Martín-Hernanz, J. Alfredo Reyes-Betancort, Arnoldo Santos-Guerra, María Olangua-Corral y Abelardo Aparicio, quienes se han apoyado en los recursos de Supercomputación del CICA para obtener los resultados de su investigación.

Enlace: https://academic.oup.com/aob/article-abstract/doi/10.1093/aob/mcaa090/5835303

Nueva publicación en “Journal of Physics A-Mathematical and Theoretical” con agradecimientos a CICA

Un nuevo trabajo se ha publicado en la revista “Journal of Physics A-Mathematical and Theoretical” titulado “Quantum state-independent contextuality requires 13 rays”.

Los autores de este trabajo son: Adán Cabello, Matthias Kleinmann y José R Portillo, quienes han utilizado los recursos de Supercomputación del CICA para obtener los resultados de su investigación.

Enlace: https://iopscience.iop.org/article/10.1088/1751-8113/49/38/38LT01

Nueva publicación en “Nature Communications” con agradecimientos al CICA

Un nuevo trabajo se ha publicado en la revista “Nature Communications” titulado “Endogenous topoisomerase II-mediated DNA breaks drive thymic cancer predisposition linked to ATM deficiency”.

Los autores de este trabajo son: Alejandro Álvarez-Quilón, José Terrón-Bautista, Irene Delgado-Sainz, Almudena Serrano-Benítez, Rocío Romero-Granados, Pedro Manuel Martínez-García, Silvia Jimeno-González, Cristina Bernal-Lozano, Cristina Quintero, Lourdes García-Quintanilla & Felipe Cortés-Ledesma quienes han utilizado los recursos de Supercomputación del CICA para obtener los resultados de su investigación.

Enlace: https://www.nature.com/articles/s41467-020-14638-w-

Nueva publicación en “Journal of Biogeography” con agradecimientos al CICA

Un nuevo trabajo se ha publicado en la revista “Journal of Biogeography” titulado “Disentangling the fundamental branching patterns of phylogenetic divergence to refine eco‐phylogenetic analyses”. Los autores de este trabajo son: Rafael Molina‐Venegas, Markus Fischer y Andreas Hemp, quienes han utilizado los recursos de Supercomputación del CICA para obtener los resultados de su investigación.

Enlace: https://onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1111/jbi.13692

Nueva publicación en “Global Change Biology” con agradecimientos al CICA

Un nuevo trabajo se ha publicado en la revista “Global Change Biology” llamado “Integrating anthropogenic factors into regional‐scale species distribution models — a novel application in the imperiled sagebrush biome”. Apoyandose en los recursos de Supercomputación del CICA para obtener los resultados de su investigación.

Enlace: https://doi.org/10.1111/gcb.14728

Servicio de Supercomputación – 30 Aniversario CICA

El Servicio de Supercomputación del CICA tiene como objetivo ayudar a la comunidad científica e investigadora a desarrollar sus trabajos, especialmente cuando estos requieren recursos intensivos en computación. Para ello, el CICA proporciona infraestructuras dedicadas, como diferentes clusters interconectados a gran velocidad y baja latencia o virtualización a medida, así como otros elementos necesarios como aplicaciones científicas, garantizando que todo el sistema funcione de forma segura y eficiente, para lo que aporta una contrastada experiencia a lo largo de su historia.

En el año 2018 se han ejecutado en el cluster general del CICA 1.685.632 trabajos, con una media de 41 horas de duración. Muchos de ellos se ven reflejados en artículos o contribuciones en publicaciones de alto nivel científico, donde los autores suelen reconocer el papel fundamental desempeñado por el CICA para que pudieran realizar sus cálculos y simulaciones.

Un buen ejemplo de uso del servicio es la actividad generada por el Deparatmento de Física Atómica, Molecular y Nuclear de la Universidad de Sevilla en los últimos años, que trabaja con nosotros desde 2013, periodo en el cual ha publicado varios artículos gracias a la colaboración con el CICA:

  1. M. A. Cortés-Giraldo, A. Carabe, “A critical study of different Monte Carlo scoring methods of dose average linear-energy-transfer maps calculated in voxelized geometries irradiated with clinical proton beams”, Physics in Medicine and Biology, vol. 60: 2645-2669 (2015). [ISSN: 0031-9155] [ http://dx.doi.org/10.1088/0031-9155/60/7/2645 ]
  2. S. Lo Meo, M. A. Cortés-Giraldo, C. Massimi, J. Lerendegui-Marco, M. Barbagallo, N. Colonna, C. Guerrero, D. Mancusi, F. Mingrone, J. M. Quesada, M. Sabaté-Gilarte, G. Vannini, V. Vlachoudis, and The n_TOF Collaboration, “GEANT4 simulations of the n_TOF spallation source and their benchmarking”, European Physical Journal A, vol. 51: 160 (2015). [ISSN: 1434-6001] [ http://dx.doi.org/10.1140/epja/i2015-15160-6 ]
  3. J. Lerendegui-Marco, S. Lo Meo, C. Guerrero, M. A. Cortés-Giraldo, C. Massimi, J. M. Quesada, M. Barbagallo, N. Colonna, D. Mancusi, F. Mingrone, M. Sabaté-Gilarte, G. Vannini, V. Vlachoudis, and The n_TOF Collaboration, “Geant4 simulation of the n_TOF-EAR2 neutron beam: Characteristics and prospects”, European Physical Journal A, vol. 52: 100 (2016). [ISSN: 1434-6001] [ http://dx.doi.org/10.1140/epja/i2016-16100-8 ]
  4. M. T. Pazianotto, M. A. Cortés-Giraldo, C. A. Federico, G. Hubert, O. L. Gonçalez, J. M. Quesada, B. V. Carlson, “Extensive air shower Monte Carlo modeling at flight altitude in the South Atlantic Magnetic Anomaly and comparison with neutron measurements”, Astroparticle Physics, vol. 88: 17-29 (2017). [ISSN: 0927-6505] [ http://dx.doi.org/10.1016/j.astropartphys.2016.12.004 ]
  5. J. A. Díaz-Francés, M. A. Cortés-Giraldo, M. C. Jiménez-Ramos, S. Hurtado-Bermúdez, “Simulation of the response of a PIPS detector with the Geant4 toolkit”, Nuclear Instruments and Methods in Physics Research Section A: Accelerators, Spectrometers, Detectors and Associated Equipment, vol. 875: 21-26 (2017). [ISSN: 0168-9002] [ http://dx.doi.org/10.1016/j.nima.2017.08.033 ]
  6. M. T. Pazianotto, M. A. Cortés-Giraldo, C. A. Federico, O. L. Gonçales, G. Hubert, J. M. Quesada, B. V. Carlson, “Analysis of the angular distribution of cosmic-ray-induced particles in the atmosphere based on Monte Carlo simulations including the influence of the Earth’s magnetic field”, Astroparticle Physics, vol. 97: 106-117 (2018). [ISSN: 0927-6505] [ http://dx.doi.org/10.1016/j.astropartphys.2017.11.001 ]
  7. J. Lerendegui-Marco, M. A. Cortés-Giraldo, C. Guerrero, J. M. Quesada and the n_TOF Collaboration, “Geant4 simulations of the neutron production and transport in the n_TOF spallation target”, Il Nuovo Cimento C, vol. 38: 186 (2015). [ISSN: 2037-4909 [ http://dx.doi.org/10.1393/ncc/i2015-15186-x ]
  8. J. Lerendegui-Marco, M.A. Cortés-Giraldo et al., “Monte Carlo simulations of the n_TOF lead spallation target with the Geant4 toolkit”, EPJ Web of Conferences, vol. 146: 03030 (2017). [ISSN: 2100-014X] [ http://dx.doi.org/10.1051/epjconf/201714603030 ]

En la página web del CICA puede encontrar más información sobre el Servicio de Supercomputación (link https://www.cica.es/servicios/supercomputacion/) y sobre publicaciones que nos han remitido investigadores y grupos de investigación (link https://www.cica.es/category/supercomputacion/publicaciones/).