Software instalado en Supercomputación

Matemáticas

Anaconda3

FEniCS – v2019.1.0

FreeFem – v4.0

FreeFem++ – v3.23

La versión instalada no tiene soporte MPI por lo que las tareas que usen este lenguaje deben ponerse en alguna de las colas simple o multicore.

HondoPlus – v5.2

Ipopt – v3.13.1

Lammps -v12Dec18

Matlab

Singular

R

Para ejecutar en el cluster programas escritos en el lenguaje R se debe usar alguna de las colas simple o multicore dependiendo de la cantidad de memoria que necesite su programa.

Puede ver las versiones disponibles ejecutando el comando: module avail

Vasp – 6.2.1

Bioinformática

4Cseqpipe

Para usar el programa, se necesita ejecutar R con el paquete zoo y Perl.

Abinit – v8.2.1

Abricate  – v1.0.1

Para hacer uso de Abricate habría que activar su entorno con el comando “conda activate /home/software/abricate”.

AfterQC – v0.9.6

Amr++ – v2.0.2

Anvi’o – v5.5.0

Bamm – v2.5.0

BamTools – v2.4.1

Para usar el programa hay que ejecutar la instrucción “module load bamtools-2.4.1”

BBMAP – v37.57

BBtools – v37.62

Bcftools – v1.11

Beast2 – v2.4.5 y v2.6.2

Beast – v2.3.1

Bedtools – v2.3.1

Blast – v2.2.26, v2.13.0 y v2.9.0

Para usarlo hay que cargar primero su módulo de entorno mediante el comando: module load blast

Blast+ – v2.2.30

Para usarlo hay que cargar primero su módulo de entorno mediante el comando: module load blast+

Biopython – v1.8

Bismarck – v0.19.0

Bowtie – v1.2.0 y Bowtie2 – v2.3.4.1

Bwa – v0.19.0

Bwa-meth – v0.2.0

Para usar Bowtie hay que ejecutar “module load Bowtie1-1.2.0” y en el caso de Bowtie2 la instrucción sería: module load bowtie2-2.3.0.

Cp2k – v2.5.1

Cufflinks – v2.2.1

Para usarlo hay que cargar primero su módulo de entorno mediante el comando: module load cufflinks

ClustalW – v2.1

Danpos – v2.2.1

DeepTools – v2.4.1 y v3.4.1

DIAMOND – v2.0.15

dL_poly – v4

dL_poly_classic 

Para  cargarlo en el modulo hay que ejecutar “module load apps/dlpoly-classic/v1.9”

dnaPipeTE – v1.3.1

Emboss – v6.3.1

Exabayes – v1.5

Exonerate – v2.4.0

FastQC  – v0.11.5

FASTSIMCOAL2 – v2.7.0.9

FastStructure

FastTree

FastX Toolkit – v0.0.14

Para usarlo hay que cargar primero su módulo de entorno mediante el comando: module load fastx-toolkit

Flye – v2.9

gfiller – v2.1.1

Gromacs – v2019 y v2020

Hisat2  – v2.1.0

HMMER – v3.3

Homer – v4.9.1

htslib – 1.11

HybPiper – v2.0

IMA2P

Infernal – v1.1.4

Interproscan – v5.23-62.0

JAGS – v4.3.0

Kallisto

Kraken – v0.10.5

MACS2 – v2.1.1

Maker – v3.1.1

MMSeqs2 – v2

Para poder hacer uso de MMSeqs2, hay que activar el entorno con el comando “source bash-completion.sh” (hay que estar ubicado en /home/software/mmseqs2/mmseqs/util) y acceder al directorio “/home/software/mmseqs2/mmseqs/bin” y ejecutar “./mmseqs <opcion>”.

Moltemplate

Mothur – v1.39.5

Muscle – v3.8.31

NAMD

NanoPlot – v1.40.0

Nanofilt – v2.8.0

nQuire

Mrbayes – v3.2.6

Oases – v0.2.8

Orthofinder – v2.2.1

Para usarlo hay que cargar primero su módulo de entorno mediante el comando module load orthofinder-2.1.2

PAUP – v4.0a

Picard -v2.12.2

PICRUSt2 – v2.5.1

PhyloNet -v3.6.1

Phymlrates – v1.0

Prodigal – v2.6.3

Pyrad -v3.0.66

QIIME – v1.9.1 y v2018.2.0

r8s -v1.81

RAxML -v8.2.9

Revbayes -v1.0.10

R-Bioconductor – v3.5.2

Aplicación R con multitud de módulos para bioinformática.

Para usarlo hay que cargar su módulo de entorno con el comando: module load R-3.4.2-Bioconductor

R-Bioconductor – v4.1.3

RepeatMasker – v4.1.0

RepeatModeler – v2.0.3

RepeatProfiler – v0.9

SamTools – v1.1 y v1.6

Para usarlo hay que cargar primero su módulo de entorno mediante el comando module load samtools-1.1

Sma3s

SPAdes – v3.1.11, v3.14.1 y v3.15.0

Stacks -v1.41

STAR – 2.5.2

Stringtie – v1.3.3b

Structure – v2.3.4

Tophat – v2.1.1

Para usarlo hay que cargar primero su módulo de entorno mediante el comando: module load tophat

TreePL – v1.0

Trimmomatic – v0.36

Trinity – v2.8.6

Para usarlo hay que cargar primero su módulo de entorno mediante el comando: module load trinity

Unicycler – v0.4.9b

Velvet – v1.2.10

Para usarlo hay que cargar su módulo de entorno con el comando: module load velvet-1.2.10

Vsearch – v2.3.0

Otros

BacAnt – v3.4.0

Dfam – v3.2

Gdal – v2.1.1

Geant – v4.10.07

GNU Parallel – v20220922

HiC-Pro – v2.10.0

Parsnp – v1.7.4

Pebble – v5.0.0

Progressbar2 – v3.37.1

Proj – v4.9.2

Prokka – v1.14.6

Psutil – v5.9.2

Quantum-espresso – v6.1 y v6.8

ResFinder – v2.1

RMBlast – v2.11.0

Roary – v3.11.2

TRF – v4.09

Lenguajes de programación y bibliotecas

– Java SDK y JRE

– Python

– Perl

– Julia – v1.6.2

– Bibliotecas: Intel MKL, mpich2, openmpi compilado para su uso con gcc/gfortran, Intel c/c++ e Intel Fortran, BLAS, LAPACK, ATLAS y openBlas, AMD ACML, librerías Boost y Petsc.

– Compiladores Intel Fortran, GNU Fortran y GNU C/C++.

NOTA: Para hacer uso de los compiladores de Intel o algún programa compilado con ellos, deberá ejecutarse el siguiente comando:

source /home/software/libraries/intel/composerxe/bin/compilervars.sh intel64

La extensión del archivo “compilevars” será .sh siempre que se use bash y .csh si se utiliza csh.