Software instalado en Supercomputación

Módulos disponibles:

Se pueden consultar con el comando:

ls -lh /lustre/software/easybuild/x86_64/software
ls -lh /lustre/apps
  • 4ti2 – v.1.6.9
  • Abseil – v.20230125.2
  • Adol-C – v.2.7.2
  • AlphaFold – v.2.3.4
  • Alsa-Lib – v.1.2.8
  • Amber/Amber24
  • Anaconda3 – v.2022.05
  • Ant – v.1.10.11
  • Anvio – v.8
  • Aocl – v.3.1.0
  • Archspec – v.0.1.3
  • Armadillo – v.12.6.2
  • Arpack-Ng – v.3.9.0
  • Arrow – v.8.0.0
  • Arrow-R – v.8.0.0
  • At-Spi2-Core – v.2.46.0
  • Atk – v.2.38.0
  • Atlas – v.3.10.2
  • Attr – v.2.5.1
  • Attrdict3 – v.2.0.2
  • Autoconf – v.2.71
  • Automake – v.1.16.5
  • Autotools – v.20220317
  • Bamtools – v.2.5.2
  • Bbmap – v.39.01
  • Bcftools – v.1.18
  • Beagle-Lib – v.4.0.0
  • Beast – v.2.7.3
  • Beautifulsoup – v.4.11.1
  • Bedtools – v.2.30.0
  • Binutils – v.2.40
  • Biom-Format – v.2.1.15
  • Bioperl – v.1.7.8
  • Biopython – v.1.81
  • Bison – v.3.8.2
  • Blast – v.2.11.0
  • Blast+ – v.2.14.0
  • Blis – v.0.9.0
  • Blobtools – v.20180528
  • Bokeh – v.2.4.3
  • Boost – v.1.82.0
  • Bowtie – v.1.3.1
  • Bowtie2 – v.2.4.5
  • BRESEQ – v0.38.1
  • Brotli – v.1.1.0
  • Brotli-Python – v.1.0.9
  • Brunsli – v.0.1
  • Bwa – v.0.7.17
  • Bwidget – v.1.9.15
  • Byobu – v.5.133
  • Bzip2 – v.1.0.8
  • C-Ares – v.1.18.1
  • Cairo – v.1.18.0
  • Catch2 – v.2.13.9
  • Cbc – v.2.10.5
  • Ccache – v.4.6.1
  • Cddlib – v.0.94m
  • Cellranger – v.7.2.0
  • Cffi – v.1.15.1
  • Cfitsio – v.4.3.1
  • Cgal – v.4.14.3
  • Cgl – v.0.60.7
  • Check – v.0.15.2
  • Checkm – v.1.0.18
  • Clang – v.13.0.1
  • Clhep – v.2.4.5.1
  • Clp – v.1.17.8
  • Cmake- v.3.27.6
  • Coinutils – v.2.11.9
  • Concoct – v.1.1.0
  • Cppy – v.1.2.1
  • Crest – v.2.12
  • Cryptography – v.41.0.1
  • Cuda – v.11.7.0
  • Cudacore – v.11.1.1
  • Cufflinks – v.20190706
  • Cunit – v.2.1-3
  • Curl – v.8.3.0
  • Cutadapt – v.4.2
  • Db – v.18.1.40
  • Db_File – v.1.857
  • Dbus – v.1.15.2
  • Dbus-Glib – v.0.112
  • Deeptools – v.3.5.1
  • Dendropy – v.4.5.2
  • Diamond – v.2.1.8
  • Dill – v.0.3.7
  • DL-Poly Classic – v.1.10
  • Dl_Poly_4 – v.5.1.0
  • Dos2unix – v.7.5.2
  • Double-Conversion – v.3.2.1
  • Doxygen – v.1.9.8
  • Easybuild – v.4.9.1
  • Eigen – v.3.4.0
  • Elfutils – v.0.187
  • Elpa – v.2023.05.001
  • Enchant-2 – v.2.3.3
  • Ete – v.3.1.3
  • Exabayes – v.1.5.1
  • Exonerate – v.2.4.0
  • Expat – v.2.5.0
  • FASconCAT – v.1.11
  • FASconCAT-G – v.1.06.1
  • Fastme – v.2.1.6.1
  • Fastp – v.0.23.4
  • Fastqc – v.0.11.5
  • Fasttree – v.2.1.11
  • Fastx-Toolkit – v.0.0.14
  • Ffmpeg – v.4.3.2
  • Fftw – v.3.3.10
  • Fftw.Mpi – v.3.3.10
  • File – v.5.43
  • Flac – v.1.4.2
  • Flex – v.2.6.4
  • Flexiblas – v.3.3.1
  • Flint – v.2.9.0
  • Flit – v.3.9.0
  • Flye – v.2.9.3
  • Fontconfig – v.2.14.2
  • Foss – v.2023a
  • Fosscuda – v.2020b
  • Freefem++ – v.4.11
  • Freetype – v.2.13.2
  • Freexl – v.1.0.6
  • Fribidi – v.1.0.13
  • Gapcloser – v.1.12
  • Gatk – v.4.5.0.0
  • Gaussian – v.09 (Requiere aportar licencia)
  • Gaussian – v.16 (Requiere aportar licencia)
  • Gblocks – v.0.91b
  • Gc – v.8.2.0
  • Gcc – v.13.2.0
  • Gcccore – v12.3.0
  • Gcccore – v.13.2.0
  • Gcccuda – v.2020b
  • Gconf – v.3.2.6
  • Gdal – v.3.7.1
  • Gdk-Pixbuf – v.2.42.10
  • Gdrcopy – v.2.3
  • Geant4 – v.11.0.0
  • Geos – v.3.12.0
  • Gettext – v.0.22
  • Gfbf – v.2023b
  • Ghostscript – v.10.0.0
  • Giflib – v.5.2.1
  • Git – v.2.41.0
  • Gitpython – v.3.1.31
  • Glew – v.2.2.0
  • Glib – v.2.78.1
  • Glib-Networking – v.2.72.1
  • Globalarrays – v.5.8.2
  • Glpk – v.5.0
  • Gmp – v.6.2.1
  • Gnuplot – v.5.4.2
  • Gnutls – v.3.7.3
  • Go – v.1.18.1
  • Gobject-Introspection – v.1.78.1
  • Gompi – v.2023a
  • Gompic – v.2020b
  • Googletest – v.1.13.0
  • Gperf – v.3.1
  • Graphite2 – v.1.3.14
  • Grass – v.8.2.0
  • Groff – v.1.23.0
  • Gromacs – v.2019.4
  • Gsl – v.2.7
  • Gst-Plugins-Base – v.1.18.5
  • Gstreamer – v.1.18.5
  • Gtk2 – v.2.24.33
  • Gtk3 – v.3.24.35
  • Guile – v.3.0.7
  • Gzip – v.1.13
  • H5py – v.3.8.0
  • Harfbuzz – v.8.2.2
  • Hatchling – v.1.18.0
  • Hdf – v.4.2.16
  • Hdf5 – v.1.14.0
  • Healpix – v.3.50
  • Help2man – v.1.49.3
  • Hifiasm – v.0.19.7
  • Highway – v.1.0.4
  • Hiredis – v.1.0.2
  • Hisat2 – v.2.2.1
  • Hmmer – v.3.3.2
  • Htslib – v.1.18
  • Hunspell – v.1.7.1
  • Hwloc – v.2.9.1
  • Hybpiper – v.2.1.6
  • Hypothesis – v.6.82.0
  • Hypre – v.2.21.0
  • Icu – v.74.1
  • Iimpi – v.2023a
  • Imagemagick – v.7.1.0
  • Imath – v.3.1.7
  • Imkl – v.2023.1.0
  • Imkl-Fftw – v.2023.1.0
  • Impi – v.2021.9.0
  • Intel – v.2023a
  • Intel-Compilers – v.2023.1.0
  • Intltool – v.0.51.0
  • Ipython – v.8.14.0
  • Isa-L – v.2.30.0
  • Itsx – v.1.1.3
  • Jansson – v.2.13.1
  • Jasper – v.4.0.0
  • Java – v.1.7.0_80
  • Java – v.1.8.0_144
  • Java – v.11.0.2
  • Java – v.13.0.2
  • Java – v.17.0.6
  • Jbigkit – v.2.1
  • Jellyfish – v.2.3.0
  • Jemalloc – v.5.2.1
  • Jq – v.1.6
  • Json-C – v.0.16
  • Julia – v.1.10.0 (Phylonetworks)
  • Junit – v.4.12
  • Kallisto – v.0.48.0
  • Kim-Api – v.2.2.1
  • Kraken2 – v.2.1.2
  • Lame – v.3.100
  • Lammps – v.29sep2021
  • Lerc – v.4.0.0
  • Levenshtein – v.0.24.0
  • Libaec – v.1.0.6
  • Libarchive – v.3.7.2
  • Libcerf – v.1.17
  • Libdeflate – v.1.19
  • Libdrm – v.2.4.117
  • Libepoxy – v.1.5.10
  • Libev – v.4.33
  • Libevent – v.2.1.12
  • Libfabric – v.1.18.0
  • Libffi – v.3.4.4
  • Libgcrypt – v.1.9.3
  • Libgd – v.2.3.3
  • Libgeotiff – v.1.7.1
  • Libgit2 – v.1.7.2
  • Libglu – v.9.0.3
  • Libglvnd – v.1.7.0
  • Libgpg-Error – v.1.42
  • Libiconv – v.1.17
  • Libidn2 – v.2.3.2
  • Libjpeg-Turbo – v.3.0.1
  • Libogg – v.1.3.5
  • Libopus – v.1.3.1
  • Libpciaccess – v.0.17
  • Libpsl – v.0.21.1
  • Libreadline – v.8.2
  • Librttopo – v.1.1.0
  • Libsndfile – v.1.2.0
  • Libsodium – v.1.0.18
  • Libsoup – v.3.0.7
  • Libspatialite – v.5.0.1
  • Libtasn1 – v.4.18.0
  • Libtiff – v.4.6.0
  • Libtirpc – v.1.3.3
  • Libtool – v.2.4.7
  • Libunistring – v.1.0
  • Libunwind – v.1.6.2
  • Libvorbis – v.1.3.7
  • Libwebp – v.1.2.0
  • Libwpe – v.1.13.3
  • Libxc – v.6.2.2
  • Libxml2 – v.2.11.5
  • Libxslt – v.1.1.37
  • Libyaml – v.0.2.5
  • Littlecms – v.2.14
  • Llvm – v.16.0.6
  • Lmdb – v.0.9.29
  • Lua – v.5.4.3
  • Lxml – v.4.9.2
  • Lz4 – v.1.9.4
  • M4 – v.1.4.19
  • MACS2 – v.2.2.9.1
  • Mafft – v.7.505
  • Make – v.4.4.1
  • Makedepend – v.1.0.7
  • Makeinfo – v.6.7
  • Mako – v.1.2.4
  • Masurca – v.4.1.0
  • Matplotlib – v.3.7.0
  • Mcl – v.14.137
  • Megahit – v.1.2.9
  • Mesa – v.23.1.9
  • Meson – v.1.2.3
  • Metabat – v.2.15
  • Metis – v.5.1.0
  • Minimap2 – v.2.26
  • Minizip – v.1.1
  • Mmseqs2 – v.13
  • Molden – v.7.3
  • Molmod – v.1.4.8
  • Mpfr – v.4.2.0
  • Mpi4py – v.3.1.4
  • Mpich – v.3.4.2
  • Multiqc – v.1.14
  • Multiwfn – v.3.6
  • Mumps – v.5.6.1
  • Mvapich2 – v.2.3.7
  • Namd – v.2.14
  • Nasm – v.2.16.01
  • Ncbi-Vdb – v.3.0.2
  • Nccl – v.2.12.12
  • Ncurses – v.6.4
  • Netcdf – v.4.9.2
  • Netcdf-Fortran – v.4.6.0
  • Nettle – v.3.8.1
  • Networkx – v.3.0
  • Newick_Utils – v.1.6
  • Nghttp2 – v.1.48.0
  • Nghttp3 – v.0.6.0
  • Ngtcp2 – v.0.7.0
  • Ninja – v.1.11.1
  • Nlohmann_Json – v.3.11.2
  • Nlopt – v.2.7.1
  • Nodejs – v.18.12.1
  • Nquire – v.201805
  • Nspr – v.4.35
  • Nss – v.3.85
  • Ntl – v.11.5.1
  • Numactl – v.2.0.16
  • Numba – v.0.58.1
  • Openblas – v.0.3.24
  • Openexr – v3.1.7
  • Openfoam – v.2112
  • Openjpeg – v.2.5.0
  • OpenMM – v.8.0.0
  • Openmolcas – v.23.06
  • Openmpi – v.4.1.5
  • Openpgm – v.5.2.122
  • Openssl – v.3
  • Orca – v.5.0.4
  • Orthofinder – v.2.5.4
  • Osi – v.0.108.8
  • P11-Kit – v.0.24.1
  • Pango – v.1.50.12
  • Parallel – v.20230722
  • Paraview – v.5.9.1
  • Parmetis – v.4.0.3
  • Parsl – v.2023.7.17
  • Patchelf – v.0.18.0
  • Pcre – v.8.45
  • Pcre2 – v.10.42
  • Perl – v.5.38.0
  • Perl-Bundle-Cpan – v.5.38.0
  • Petsc – v.3.15.1
  • Phyx – v1.3
  • Phonopy – v.2.20.0
  • Picard – v.2.25.0
  • Picrust2 – v.2.5.2
  • Pigz – v.2.7
  • Pillow – v.9.4.0
  • Pixman – v.0.42.2
  • Pkg-Config – v.0.29.2
  • Pkgconf – v.2.0.3
  • Pkgconfig – v.1.5.5
  • Plotly.Py – v.5.4.0
  • Plumed – v.2.7.3
  • Pmix – v.4.2.4
  • Pnetcdf – v.1.12.3
  • Pocl – v.1.8
  • Poetry – v.1.5.1
  • Pplacer – v.1.1.Alpha19
  • Prodigal – v.2.6.3
  • Proj – v.9.2.0
  • Protobuf – v.23.0
  • Psutil – v.5.9.5
  • Pugixml – v.1.12.1
  • Pulp – v.2.7.0
  • Pybigwig – v.0.3.18
  • Pybind11 – v.2.11.1
  • Pyqt5 – v.5.15.7
  • Pysam – v.0.21.0
  • Python – v.3.11.5
  • Python-Isal – v.1.1.0
  • Pyyaml – v.6.0
  • Pyzmq – v.24.0.1
  • Qhull – v.2020.2
  • Qiime2 – v.2023.7.0
  • Qt5 – v.5.15.7
  • Quantumespresso – v.7.3
  • Quast – v.5.2.0
  • R – v.4.4.1
  • R-Bundle-Bioconductor – v.3.15
  • Rapidjson – v.1.1.0
  • Rascaf – v.1.0.2
  • Raxml-Ng – v.1.2.0
  • Re2 – v.2022-06-01
  • Re2c – v.3.0
  • Ruby – v.3.0.1
  • Rust – v.1.70.0
  • Salmon – v.1.4.0
  • Samtools – v.1.17
  • Scafacos – v.1.0.1
  • Scalapack – v.2.2.0
  • Scikit-Bio – v.0.5.7
  • Scikit-Build – v.0.17.6
  • Scikit-Learn – v.1.2.1
  • Scipy-Bundle – v.2023.07
  • Scotch – v.7.0.3
  • Sdl2 – v.2.0.20
  • Seaborn – v.0.12.2
  • Setuptools-Rust – v.1.6.0
  • Siesta – v.4.1.5
  • Singular – v.4.3.2p10
  • Singularity – v.3.10.2
  • Slepc – v.3.15.1
  • Snakemake – v.7.32.3
  • Snappy – v.1.1.9
  • Snippy – v4.6.0
  • Spades – v.3.15.5
  • Sqlite – v.3.43.1
  • Squashfs – v.4.3
  • Sra-Toolkit – v.3.0.3
  • Sspace_Basic – v.2.1.1
  • Star – v.2.7.11b
  • Statsmodels – v.0.14.0
  • Structure – v.2.3.4
  • Subread – v.2.0.4
  • Suitesparse – v.5.10.1
  • Supermagic – v.20220309
  • Swig – v.4.1.1
  • Szip – v.2.1.1
  • Tbb – v.2020.3
  • Tcl – v.8.6.13
  • Tcsh – v.6.24.10
  • Tibercad – v3.3.0
  • Tk – v.8.6.13
  • Tkinter – v.3.10.8
  • Tmux – v.3.2a
  • Tophat – v.2.1.2
  • Tqdm – v.4.64.0
  • Travis-Analyzer – v.220729
  • Treepl – v.1.0
  • Trimal – v.1.4.1
  • Trimmomatic – v.0.39
  • Trinity – v.2.14.0
  • Ucc – v.1.2.0
  • Ucx – v.1.14.1
  • Ucx-Cuda – v.1.12.1
  • Udunits – v.2.2.28
  • Umap-Learn – v.0.5.3
  • Unifrac – v.1.3.2
  • Unzip – v.6.0
  • Usearch – v.11.0.667
  • Utf8proc – v.2.7.0
  • Util-Linux – v.2.39
  • Vasp – v.5.4.4 (Requiere aportar licencia)
  • Vasp – v.6.4.3 (Requiere aportar licencia)
  • Velvet – v.1.2.10
  • Virtualenv – v.20.23.1
  • Voro++ – v.0.4.6
  • Vscode – v.1.85.0
  • Vsearch – v.2.22.1
  • Wayland – v.1.22.0
  • Waylandpp – v.1.0.0
  • Webkitgtk+ – v.2.37.1
  • Wget – v.1.21.3
  • Wpebackend-Fdo – v.1.13.1
  • Wrapt – v.1.15.0
  • Wxpython – v.4.2.0
  • Wxwidgets – v.3.2.0
  • X11 – v.20231019
  • X264 – v.20210613
  • X265 – v.3.5
  • Xerces-C++ – v.3.2.4
  • Xml-Libxml – v.2.0207
  • Xml-Parser – v.2.44_01
  • Xorg-Macros – v.1.20.0
  • Xproto – v.7.0.31
  • Xtb – v.6.6.1
  • Xvfb – v.21.1.6
  • Xxd – v.8.2.4220
  • Xz – v.5.4.4
  • Yaff – v.1.6.0
  • Yasm – v.1.3.0
  • Z3 – v.4.10.2
  • Zeromq – v.4.3.4
  • Zlib – v.1.2.13
  • Zstd – v.1.5.5

Entornos de Conda disponibles:

Se pueden consultar con los comandos:

srun -t 24:00:00 --pty /bin/bash -i
module load Miniconda3/24.5.0
conda env list
  • admixture – v.1.3.0
  • amas – v.1.0
  • angsd – v.0.940
  • aster – v.1.16
  • astral – v.tree-5.7.8
  • bader – v.1.0.4
  • bamqc – v.0.1.25
  • barrnap – v.0.9
  • bbmap – v.39.06
  • beast – v.1.10.4
  • BioBB 
  • blast – v.2.16.0
  • breseq – v.0.39.0
  • bwa – v.0.7.18
  • checkm-genome – v.1.2.3
  • cp2k – v.2024.1
  • epic2 – v.0.0.52
  • fastqc – v.0.12.1
  • gatk4 – v.4.5.0.0
  • gtdbtk – v.2.4.0
  • hifiasm – v.0.19.9
  • hmmer – v.3.4
  • ipyrad – v.0.9.96
  • iqtree – v.2.3.4
  • kat – v.2.4.2
  • megahit – v.1.2.9
  • metawrap – v.1.2
  • mitohifi – v.3.2.1
  • mothur – v.1.48.0
  • motulizer – v.0.3.2
  • mrbayes – v.3.2.7
  • muscle – v.5.1
  • nauty – v.2.8.8
  • NextFlow – v.24.04.4 (nf-core v2.14.1)
  • phyluce – v.1.6.8
  • picard – v.3.1.1
  • plink – v.2.00a5.12
  • prodigal – v.2.6.3
  • prokka – v.1.14.6
  • pytorch – v.2.0.1
  • qiime2 – v.2024.5.0
  • quast – v.5.2.0
  • r-qiimer – v.0.9.4
  • raxml – v.8.2.13
  • raxml-ng – v.1.2.2
  • repeatexplorer – v.2.3.8
  • repeatmasker – v.4.1.5
  • repeatmodeler – v.2.0.5
  • revbayes – v.1.0.13
  • rmblast – v.2.14.1
  • samtools – v.1.20
  • spades – v.4.0.0
  • sra-tools – v.3.1.1
  • treeshrink – v.1.3.9
  • trimmomatic – v.0.39
  • ucsc-fasplit – v.377
  • vcftools – v.0.1.16
  • yahs – v.1.2a.2

Compiladores:

  • Intel (diferentes versiones disponible).
  • Intel Fortran.
  • GCC (varias versiones soportadas).
  • GNU Fortran.
  • GNU C/C++.

Contenedores:

Nos complace informarles que nuestro clúster de supercomputación ahora ofrece la posibilidad de ejecutar contenedores como parte de su entorno de trabajo. Si están interesados en utilizar esta funcionalidad, les solicitamos que se pongan en contacto con nuestro equipo de soporte técnico a través de nuestro correo electrónico de soporte para recibir orientación y asegurar que la configuración y ejecución se realicen de manera óptima.