Software instalado en Supercomputación

Matemáticas

R – v3.4.2

Para ejecutar en el cluster programas escritos en el lenguaje R se debe usar alguna de las colas simple o multicore dependiendo de la cantidad de memoria que necesite su programa.

Para su uso hay que cargar primero su módulo de entorno mediante el comando: module load R

FreeFem++ – v3.23

La versión instalada no tiene soporte MPI por lo que las tareas que usen este lenguaje deben ponerse en alguna de las colas simple o multicore.

Para su uso debe cargar el modulo de entorno con el comando: module load freefem++

Física

Geant4

Bioinformática

BamTools – v2.4.1

Para usar el programa hay que ejecutar la instrucción “module load bamtools-2.4.1”

Bowtie – v1.2.0 y Bowtie2 – v2.3.3.1

Para usar Bowtie hay que ejecutar “module load Bowtie1-1.2.0” y en el caso de Bowtie2 la instrucción sería: module load bowtie2-2.3.0.

Bioperl – v1.6.923

Para usarlo hay que cargar primero su módulo de entorno mediante el comando: module load bioperl

Blast – v2.2.26

Para usarlo hay que cargar primero su módulo de entorno mediante el comando: module load blast

Blast+ – v2.2.30

Para usarlo hay que cargar primero su módulo de entorno mediante el comando: module load blast+

Cufflinks – v2.1.1

Para usarlo hay que cargar primero su módulo de entorno mediante el comando: module load cufflinks

DeepTools – v2.4.1

Para usarlo hay que cargar primero su módulo de entorno mediante el comando: module load deepTools v2.4.1

FastQC – v0.10.1 y v0.11.5

Para usarlo hay que cargar primero su módulo de entorno mediante el comando: module load fastqc

FastX Toolkit – v0.0.14

Para usarlo hay que cargar primero su módulo de entorno mediante el comando: module load fastx-toolkit

Orthofinder – v2.1.2

Para usarlo hay que cargar primero su módulo de entorno mediante el comando module load orthofinder-2.1.2

SamTools – v1.1 y v1.6

Para usarlo hay que cargar primero su módulo de entorno mediante el comando module load samtools-1.1

Tophat – v2.1.1

Para usarlo hay que cargar primero su módulo de entorno mediante el comando: module load tophat

Trinity – v2.4.0

Para usarlo hay que cargar primero su módulo de entorno mediante el comando: module load trinity

R-Bioconductor – v3.4.2

Aplicación R con multitud de módulos para bioinformática.

Para usarlo hay que cargar su módulo de entorno con el comando: module load R-3.4.2-Bioconductor

Velvet – v1.2.10

Para usarlo hay que cargar su módulo de entorno con el comando: module load velvet-1.2.10

Lenguajes de programación y bibliotecas

– Java SDK y JRE

– Python

– Perl

– Bibliotecas: Intel MKL, mpich2, openmpi compilado para su uso con gcc/gfortran, Intel c/c++ e Intel Fortran, BLAS, LAPACK, ATLAS y openBlas, AMD ACML, librerías Boost y Petsc.

– Compiladores Intel Fortran, GNU Fortran y GNU C/C++.

 

NOTA: Para hacer uso de los compiladores de Intel o algún programa compilado con ellos, deberá ejecutarse el siguiente comando:

source /home/software/libraries/intel/composerxe/bin/compilervars.sh intel64

La extensión del archivo “compilevars” será .sh siempre que se use bash y .csh si se utiliza csh.