Matemáticas
FEniCS – v2019.1.0
FreeFem – v4.0
FreeFem++ – v3.23
La versión instalada no tiene soporte MPI por lo que las tareas que usen este lenguaje deben ponerse en alguna de las colas simple o multicore.
HondoPlus – v5.2
Ipopt – v3.13.1
Lammps -v23Jun2022
Petsc – versión 3.20.0
Para ejecutar en el cluster programas escritos en el lenguaje R se debe usar alguna de las colas simple o multicore dependiendo de la cantidad de memoria que necesite su programa.
Puede ver las versiones disponibles ejecutando el comando: module avail
Vasp – 6.2.1
Bioinformática
Para usar el programa, se necesita ejecutar R con el paquete zoo y Perl.
Abinit – v8.2.1
Abricate – v1.0.1
Para hacer uso de Abricate habría que activar su entorno con el comando “conda activate /home/software/abricate”.
AfterQC – v0.9.6
AMAS – v1
Amplisat – v1.2
Amr++ – v2.0.2
Anvi’o – v5.5.0
ASTRAL – v5.7.8
Bamm – v2.5.0
BamTools – v2.4.1
Para usar el programa hay que ejecutar la instrucción “module load bamtools-2.4.1”
Basilisk
BBMAP – v37.57
BBtools – v37.62
Bcftools – v1.11
Blobtools – v1.1.1
Beast2 – v2.4.5 y v2.6.2
Beast – v2.3.1
Bedtools – v2.3.1
Blast – v2.2.26, v2.13.0 y v2.9.0
Para usarlo hay que cargar primero su módulo de entorno mediante el comando: module load blast
Blast+ – v2.2.30
Para usarlo hay que cargar primero su módulo de entorno mediante el comando: module load blast+
Biopython – v1.8
Bismarck – v0.19.0
Bowtie – v1.2.0 y Bowtie2 – v2.3.4.1
Bwa – v0.19.0
Bwa-meth – v0.2.0
Para usar Bowtie hay que ejecutar “module load Bowtie1-1.2.0” y en el caso de Bowtie2 la instrucción sería: module load bowtie2-2.3.0.
Casanovo – v3.5.0
Cp2k – v2.5.1
Cufflinks – v2.2.1
Para usarlo hay que cargar primero su módulo de entorno mediante el comando: module load cufflinks
ClustalW – v2.1
Cutadapt – v4.2
DADA2 – v1.26.0
Danpos – v2.2.2
DeepTools – v2.4.1 y v3.4.1
DIAMOND – v2.0.15
dL_poly – v4
Para cargarlo en el modulo hay que ejecutar “module load apps/dlpoly-classic/v1.9”
dnaPipeTE – v1.3.1
Emboss – v6.3.1
Epic2 – v0.0.41
Exabayes – v1.5
Exonerate – v2.4.0
FASconCAT-G – v1.05.1
FastQC – v0.11.5
Fastq-dump – v2.10.7
FASTSIMCOAL2 – v2.7.0.9
FastTree – v0.39
FastX Toolkit – v0.0.14
Para usarlo hay que cargar primero su módulo de entorno mediante el comando: module load fastx-toolkit
FEniCSx – v0.7
Flye – v2.9
GapCloser – v1.12
GATK – v4 4.3.0
Get_homologues – v.15052022
Get_phylomarkers – v.15052022
gfiller – v2.1.1
Gromacs – v2019 y v2020
Hisat2 – v2.1.0
HMMER – v3.3
Homer – v4.9.1
htslib – 1.11
HybPiper – v2.0.2
Infernal – v1.1.4
Interproscan – v5.23-62.0
IQ-TREE – v2.2.0
ITSx – v1.1.3
JAGS – v4.3.0
JDFTx – v1.7.0
Para poder cargarlo en clúster hay que utilizando la siguiente sentencia:
module load jdftx-1.7.0
Julia – v1.6.2
K-mer-Analysis-Toolkit – v2.4.2
Kraken – v0.10.5
LULU
MACS2 – v2.1.1
MAFFT
Maker – v3.1.1
Masurca – v4.1.0
Minimap2 – v2-24
MitoFinder – v1.4.1
MitoGeneExtractor – v1.9.5
MMSeqs2 – v2
Para poder hacer uso de MMSeqs2, hay que activar el entorno con el comando “source bash-completion.sh” (hay que estar ubicado en /home/software/mmseqs2/mmseqs/util) y acceder al directorio “/home/software/mmseqs2/mmseqs/bin” y ejecutar “./mmseqs <opcion>”.
Mothur – v1.48.0
Muscle – v3.8.31
NanoPlot – v1.40.0
Nanofilt – v2.8.0
Mrbayes – v3.2.6
Oases – v0.2.8
OpenFoam
Orthofinder – v2.2.1
Para usarlo hay que cargar primero su módulo de entorno mediante el comando module load orthofinder-2.1.2
PAUP – v4.0a
Picard -v2.18.7
PICRUSt2 – v2.5.1
PhyloNet -v3.6.1
Phyluce – v1.7.2
Phymlrates – v1.0
PLINK – v1.90b6.21
Prodigal – v2.6.3
Pyrad -v3.0.66
Pytorch – v1.0.0 y 2.0.1
QIIME – v1.9.1 y v2018.2.0
QUAST – v.5.0.2
r8s -v1.81
Rascaf – v20161129
RAxML -v8.2.9
Rcorrector – v1.0.7
Revbayes -v1.0.10
R-Bioconductor – v4.1.3
Aplicación R con multitud de módulos para bioinformática.
Para usarlo hay que cargar su módulo de entorno con el comando: module load R-3.4.2-Bioconductor
R-Bioconductor – v4.1.3
RepeatMasker – v4.1.0
RepeatModeler – v2.0.3
RepeatProfiler – v0.9
Salmon – v1.10.1
SamTools – v1.1 y v1.6
Para usarlo hay que cargar primero su módulo de entorno mediante el comando module load samtools-1.1
SPAdes – v3.15.5
Stacks -v1.41
STAR – 2.5.2
Sortmerna – v4.3.6
Stringtie – v1.3.3b
Structure – v2.3.4
Tophat – v2.1.1
Para usarlo hay que cargar primero su módulo de entorno mediante el comando: module load tophat
TreePL – v1.0
TreeShrink – v1.3.9
trimAl – v1.4.1
Trimmomatic – v0.39
Trinity – v2.8.6
Para usarlo hay que cargar primero su módulo de entorno mediante el comando: module load trinity
UCEasy – v0.3.1
Unicycler – v0.4.9
VCFtools – v0.1.16
Velvet – v1.2.10
Para usarlo hay que cargar su módulo de entorno con el comando: module load velvet-1.2.10
Vsearch – v2.3.0
WhatsHap – v1.7
Otros
BacAnt – v3.4.0
Dfam – v3.2
Gdal – v2.1.1
Geant – v4.10.07
GNU Parallel – v20220922
HiC-Pro – v2.10.0
Parsnp – v1.7.4
Pebble – v5.0.0
Progressbar2 – v3.37.1
Proj – v4.9.2
Prokka – v1.14.6
Psutil – v5.9.2
Quantum-espresso – v6.1 y v6.8
ResFinder – v2.1
RMBlast – v2.11.0
Roary – v3.11.2
TRF – v4.09
Wormhole – v0.12.0
Lenguajes de programación y bibliotecas
– Java SDK y JRE
– Python
– Perl
– Julia – v1.6.2
– PhyloNetworks
– Bibliotecas: Intel MKL, mpich2, openmpi compilado para su uso con gcc/gfortran, Intel c/c++ e Intel Fortran, BLAS, LAPACK, ATLAS y openBlas, AMD ACML, librerías Boost y Petsc.
– Compiladores Intel Fortran, GNU Fortran y GNU C/C++.
NOTA: Para hacer uso de los compiladores de Intel o algún programa compilado con ellos, deberá ejecutarse el siguiente comando:
source /home/software/intel-oneapi/setvars.sh
Dado que estos compiladores necesitan una versión superior a la 2.26 del binario ld, también es necesario cargar una versión superior de este binario con el comando:
scl enable devtoolset-9 bash